ヤリタナゴ
コイ目コイ科タナゴ亜科アブラボテ属
主に西日本に自然分布し、東日本ではほとんどの個体が国内外来種となる。食性は雑食性で、水生昆虫や藻類を主に食べる。
ギンブナ
コイ目コイ科コイ亜科フナ属
日本全域で見られ、食性は雑食で動物プランクトンや付着藻類、底生生物などを食べる。
タモロコ
コイ目コイ科カマツカ亜科タモロコ属
東北地方、九州地方をのぞく本州、四国全土に自然分布。東北地方と九州地方では移入され国内外来種となっている。主に底生生物を捕食する。
アブラハヤ
コイ目コイ科ウグイ亜科アブラハヤ属
北海道を除くほとんどの地域で見られる。雑食性で、底生昆虫や付着藻類を食する。
カワムツ
コイ目コイ科クセノキプリス亜科カワムツ属
日本では、本州・四国・九州に生息する。雑食性で水生昆虫・藻類などを食べる。
ムギツク
コイ目コイ科カマツカ亜科ムギツク属
西日本に自然分布し、関東などに移入されている。雑食で、水生昆虫や藻類を食べる。
モツゴ
コイ目コイ科モツゴ属
日本では関東地方以西の本州・四国・九州に分布する。食性は雑食性で、アカムシ（ユスリカの幼虫）などの小型水生昆虫やプランクトン、付着藻類などを食べる。
トウヨシノボリ
スズキ目ハゼ科ヨシノボリ属
日本のほとんどの地域に生息する。食性は肉食で、水生昆虫や甲殻類を食べる。
カジカ
スズキ目カジカ科カジカ属
日本のほとんどの地域に生息する。食性は肉食で、水生昆虫や小魚、底生生物などを食べる。
アカザ
ナマズ目アカザ科アカザ属
日本固有種で、秋田県、宮城県以南の本州、四国、九州に分布する。東京都秋川水系においては国内外来種となり同一環境に分布するカジカと餌の競合を生じていると指摘されている。肉食性で、主に水生昆虫を捕食する。
オイカワ
コイ目コイ科ハス属
日本国内では利根川水系と信濃川水系以西の本州各地、四国の吉野川水系、九州に自然分布する。琵琶湖産アユやゲンゴロウブナなど有用魚種に紛れて放流されることにより東北地方など各地に広がった。また、従来生息していた河川などにも進入した結果、琵琶湖産オイカワと在来オイカワの混在が確認され ている雑食性で、藻類や水草、水生昆虫や水面に落ちた小昆虫、小型甲殻類、ミミズ、赤虫などを食べる。
マハゼ
スズキ目ハゼ科マハゼ属
日本では北海道から種子島まで分布する。食性は肉食性が強く、多毛類、甲殻類、貝類、小魚などを貪欲に捕食するが、藻類を食べることもある。